Krissia Morris Gray
El Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa) incluirá dentro de los análisis de muestras de infectados por covid-19 la búsqueda de posibles coinfecciones del virus SARS-CoV-2.
Es decir, de los estudios que hace a las muestras de pacientes con covid-19, ahora sumará la detección de personas infectadas de manera simultánea con dos variantes distintas del SARS-CoV-2.
Así lo explicó Francisco Duarte, director del Laboratorio de Genómica del Inciensa, quien aseveró que dicho análisis se hará de manera rutinaria de ahora en adelante.
Para su implementación se contó con la colaboración de doctor informático José Arturo Molina de la Universidad de Costa Rica.
Molina confeccionó la herramienta tecnológica con la que se buscará la presencia de dos o más variantes en las muestras que se analicen.
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Duarte detalló que dicha valoración forma parte de la vigilancia realizada por Inciensa.
Esto debido a que si se dan casos de personas infectadas con más de una variante a la vez, podría darse la posibilidad de que mezclen y dar al paso a una variante o linaje nuevo.
“Podría existir la posibilidad de que esas variantes sufran un fenómeno que se llama recombinación. Es decir, que se mezcle su material genético y es una de las posibles fuentes de diversidad y de aparición de nuevas variantes”, afirmó Duarte.
Plan piloto
El especialista dijo que el estudio se enfoca a desarrollar una serie de análisis en computadora que permitan establecer alguna coinfección. Esto a partir de los datos que salgan del secuenciado de las muestras.
Agregó que el análisis denominado “pipeline” está diseñado solo para determinar coinfecciones de las variantes que sean de consideración. En la actualidad estas son: alfa, beta, gamma, delta y ómicron.
Apuntó que el año anterior, el Inciensa en conjunto con la UCR realizaron un plan piloto para detectar la presencia de dos variantes de covid-19 al mismo tiempo, en una persona, en momentos cuando cocirculaban las variantes delta y ómicron en Costa Rica.
Durante varios meses del 2021, la variante delta se convirtió en la predominante en el país. Y entre el 5 al 11 de diciembre apareció ómicron.
“A partir de momento que detectamos la presencia de ómicron en la población y estaba delta circulando existía la posibilidad de que se presentara una coinfección o que una persona pudiera ser infectada tanto por delta como por ómicron a la vez”, explicó Duarte.
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Detalló a que pese que fue en diciembre en que se comenzó a detectar ómicron en Costa Rica, se tomó la decisión de correr el estudio con las muestras tomadas desde el 12 de octubre hasta el 21 de diciembre del 2021.
Indicó que se analizaron 1.021 muestras que fueron secuenciadas con la herramienta confeccionada y no se encontró ningún caso de persona pudiera estar infectada por dos variantes del SARS-CoV-2 a la vez.
En la actualidad domina ómicron desde enero anterior.
¿Es oportuno?
Ya superada la fase del plan de piloto, así como de la confección, implementación y validación del método, el Inciensa procederá a su utilización de rutina en el estudio de las muestras de las personas infectadas por covid-19.
En cuanto al sentido de oportunidad -en vista del levantamiento de restricciones y la caída de casos-, Duarte indicó que el monitoreo es importante ahora.
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“La dinámica de las poblaciones va moverse más de lo que venía ocurriendo, entonces al ocurrir eso hay mayor posibilidad de importación de SARS-CoV-2 de otras latitudes y la posible existencia de coinfecciones”, subrayó Duarte.
Especificó a que si bien es cierto son eventos “muy poco frecuentes” o aislados, indicó que se reportaron casos de coinfecciones del virus SARS-CoV-2, en otros países. Tales como Bélgica y Brasil “por lo que son cosas en los que hay que estar vigilantes”, concluyó.
Desde la declaratoria de la pandemia en Costa Rica, el Inciensa analizó más de 3.200 muestras de pacientes infectados por covid-19.
Krissia Morris Gray
